МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКА СТРУКТУРНОГО КОМПЛЕКСА БЕЛКА GP41 ВИЧ-1 С МОНОКЛОНАЛЬНЫМ АНТИТЕЛОМ 10Е8, ПРОЯВЛЯЮЩИМ ШИРОКУЮ ВИРУСНУЮ НЕЙТРАЛИЗАЦИЮ
Аннотация
Методами молекулярной динамики исследованы конформационные и энергетические характеристики структурного комплекса белка gp41 ВИЧ-1 с моноклональным антителом 10Е8, проявляющим широкую вирусную нейтрализацию. Проведена оценка вкладов аминокислотных остатков белка gp41 и антитела 10Е8 в энтальпийную составляющую свободной энергии образования комплекса. Показано, что критическими для связывания являются остатки Tyr-99, Asp-100, Phe-100a, Trp-100b тяжелой цепи антитела 10Е8 и Trp-672, Phe-673, Arg-683 белка gp41. Полученные результаты формируют продуктивную основу для виртуального скрининга, компьютерного тестирования и разработки новых ингибиторов проникновения ВИЧ-1 – пептидомиметиков антитела 10Е8, обладающих широким спектром нейтрализующей активности.
Об авторах
И. А. КАШИН
Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
Беларусь
Беларусь
А. В. ТУЗИКОВ
Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси, Минск
Беларусь
член-корреспондент
Беларусь
член-корреспондент
А. М. АНДРИАНОВ
Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
Беларусь
Беларусь
Список литературы
1. Hartley O., Klasse P. J., Sattentau Q. J., Moore J. P. // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2005. Vol. 21. P. 171–189.
2. Sirois S., Sing T., Chou K. C. // Curr. Prot. Pept. Sci. 2005. Vol. 6. P. 413–422.
3. Andrianov A. M. // Expert Opin. Drug Discov. 2011. Vol. 6. P. 419–435.
4. Hoxie J. A. // Annu. Rev. Med. 2010. Vol. 61. P. 135–152.
5. Walker L. M., Burton D. R. // Curr. Opin. Immunol. 2010. Vol. 22. P. 358–366.
6. Kwong P. D., Mascola J. R., Nabel G. J. // Cold Spring Harbor Perspect. Med. 2011. Vol. 1. a007278.
7. McCoy L. E., Weiss R. A. // J. Exp. Med. 2013. Vol. 210. P. 209–223.
8. Vagner J., Qu H., Hruby V. J. // Curr. Opin. Chem. Biol. 2008. Vol. 12. P. 292–296.
9. Floris M., Masciocchi J., Fanton M., Moro S. // Nucl. Acids Res. 2011. Vol. 39, suppl. 2. P. W261–W269.
10. Huang J., Ofek G., Laub L. et al. // Nature. 2012. Vol. 491. P. 406–414.
11. Case D. A., Darden T. A., Cheatham T. E. et al. // AMBER 11, University of California, San Francisco. 2010.
12. Berendsen H. J. C., Postma J. P. M., van Gunsteren W. F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. Vol. 81. P. 3684–3690.
13. Ryckaert J. P., Ciccotti G., Berendsen H. J. C. // J. Comput. Phys. 1977. Vol. 23. P. 327–341.
14. Massova I., Kollman P. A. // J. Amer. Chem. Soc. 1999. Vol. 121. P. 8133–8143.
15. Абламейко С. В., Абрамов С. М., Анищенко В. В. и др. Суперкомпьютерные конфигурации СКИФ. Минск, 2005. – 170 с.
Рецензия
Просмотров: 913
Послать статью по эл. почте 