КЛОНИРОВАНИЕ И СЕКВЕНИРОВАНИЕ ГЕНА, КОДИРУЮЩЕГО β-ГАЛАКТОЗИДАЗУ БАКТЕРИЙ ARTHROBACTER SULFONIVORANS
Аннотация
Путем клонирования в составе плазмиды pJET1.2 фрагментов ДНК, содержащих ген β-галактозидазы (β-gal) бактерий Arthrobacter sulfonivorans ЛФ-ГАЛ, их последующего секвенирования и сравнения с известными последовательностями из базы данных GenBank установлена и депонирована (код доступа KM277894) полная нуклеотидная последовательность гена β-gal.
Анализ структуры β-gal бактерий A. sulfonivorans ЛФ-ГАЛ показал, что он состоит из 3132 п. н., которые кодируют 1043 аминокислоты, составляющие субъединицу β-галактозидазы с молекулярной массой 113,6 кДа. Установлено, что β-gal исследуемого штамма в наибольшей степени идентичен генам, кодирующим β-галактозидазы у актинобактерий рода Arthrobacter (66–72 %). Соответствие аминокислотного состава ферментных белков A. sulfonivorans ЛФ-ГАЛ и других представителей рода Arthrobacter составляет 59–95 %.
Анализ аминокислотной последовательности ферментного белка в пакете программ BLAST показал, что β-галактозидаза A. sulfonivorans ЛФ-ГАЛ содержит консервативные последовательности, характерные для гликозил-гидролаз 2 семейства.
Об авторах
А. А. КОСТЕНЕВИЧ
Институт микробиологии НАН Беларуси, Минск
Беларусь
Беларусь
Л. И. САПУНОВА
Институт микробиологии НАН Беларуси, Минск
Беларусь
Беларусь
А. Г. ЛОБАНОК
Институт микробиологии НАН Беларуси, Минск
Беларусь
академік
Беларусь
академік
Список литературы
1. Nath A., Mondal S., Chakraborty S. et al. // Asia-Pac. J. Chem. Eng. 2014. Vol. 9, is. 3. P. 330–348.
2. Panesar P. S., Kumari S., Panesar R. // Enzyme Res. 2010. Vol. 2010. P. 1–16.
3. Husain Q. // Crit. Rev. Biotechnol. 2010. Vol. 30, N 1. P. 41–62.
4. Tang L., Li Z. A., Dong X. X. // J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2011. Vol. 38. P. 471–476.
5. Asraf S. S., Gunasekaran P. // Current trends of ß-galactosidase research and application. Current Research, Technology and Education Topics in Applied Microbiology and Microbial Biotechnology. Microbiology book series. 2010, N 2. P. 880–890.
6. Kastsianevich A. A., Sapunova L. I. // Сб. мат. II Междунар. науч.-практ. конф. молодых ученых «Научные стремления–2011». 2011. Т. 1. С. 200–206.
7. Сапунова Л. И., Костеневич А. А., Лобанок А. Г. и др. // Докл. НАН Беларуси. 2013. Т. 57, № 6. С. 70–74.
8. Сапунова Л. И., Костеневич А. А., Лобанок А. Г. и др. // Докл. НАН Беларуси. 2014. Т. 58, № 4. С. 71–77.
9. Способ получения внеклеточной β-галактозидазы. Патент 15050 РБ. а 20091062; заявл. 14.07.2009; опубл. 28.02.2011.
10. Сапунова Л. И., Костеневич А. А., Лобанок А. Г. и др. // Тр. БГУ, сер. физиол., биохимия и молекул. основы функционирования биосистем. 2013. Т. 8, Ч. 1. С. 224–229.
11. Костеневич А. А., Сапунова Л. И., Лобанок А. Г. // Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты. 2014. Т. 6. С. 51–62.
12. Sambrook J., Frittsch E., Maniatis T. // Molecular cloning: a laboratory manual. 2nd ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. – 2222 p.
13. http://molbiol.ru/protocol/03_05.html#a1
14. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
15. Bolger A. M., Lohse M., Usadel B. // Bioinformatics. 2014. Vol. 30. P. 2114–2120.
16. Bankevich A., Nurk S., Antipov D. // J. Comp. Biol. 2012. Vol. 19, N 5. P. 455–477.
17. Langmead B., Salzberg S. // Nature Methods. 2012. Vol. 9. P. 357–359.
18. Van Domselaar G. H., Stothard P., Shrivastava S. et al. // Nucleic Acids Res. 2005. Vol. 33. P. W455–459.
19. Altschul S. F., Gish W., Miller W. J. Mol. Biol. 1990. Vol. 215, N 3. P. 403–410.
20. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/
Рецензия
Просмотров: 949
Послать статью по эл. почте 