Анализ полиморфизма генов KDM3A и DBX2 для дифференциации свиней породы дюрок вида Sus scrofa domesticus

Проведено генотипирование особей 7 коммерческих пород домашних свиней: дюрок, ландрас, белорусская крупная белая, белорусская черно-пестрая, белорусская мясная, пьетрен и йоркшир по генам KDM3A и DBX2. Подтвержден высокий породоспецифичный потенциал полиморфных локусов g.58335217A>G (ген KDM3A) и g.75953650G>T (ген DBX2) для дифференциации свиней породы дюрок вида Sus scrofa domesticus. Предложена тест-модель для дифференциации особей породы дюрок по биоинформатической оценке совокупного вклада двух SNP генов KDM3A и DBX2. Данная тест-модель не имеет мировых аналогов, а точность ее оценки и специфичности составляет 98,76 и 99,68 % соответственно. С использованием ПЦР-ПДРФ разработан быстрый и простой подход для дифференциации породы дюрок на основании предложенной тест-модели. 

1. Шейко, И. П. Свиноводство / И. П. Шейко, В. С. Смирнов. – Минск, 2005. – 384 с.

2. Identification of high utility SNPs for population assignment and traceability purposes in the pig using high-throughput sequencing / A. M. Ramos [et al.] // Anim. Genet. – 2011. – Vol. 42, N 6. – P. 613–620. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2011.02198.x

3. Шейко, И. П. Белорусский внутрипородный тип свиней в породе дюрок / И. П. Шейко, Р. И. Шейко, Т. Н. Тимошенко // Вес. Нац. акад. навук Беларусі. Сер. аграр. навук. – 2016. – № 2. – С. 92–97.

4. Кипень, В. Н. Использование полногеномных данных проектов NGS для поиска решения криминалистической задачи по дифференциации диких кабанов и домашних свиней на основе анализа SNP / В. Н. Кипень // Молекулярная диагностика–2017: IX Всерос. науч.-практ. конф., 18–20 апр. 2017 г.: сб. материалов. – М., 2017. – С. 305–306.

5. Оценка интрогрессии генов свиньи домашней (Sus scrofa domesticus) в генофонд дикого кабана (Sus scrofa scrofa) на основе исследования полиморфизма генов MC1R и NR6A1 / В. Н. Кипень [и др.] // Молекулярная и прикладная генетика. – Минск, 2019. – Т. 26. – С. 83–95.

6. Биоинформатический анализ геномов коммерческих пород домашних свиней для идентификации породоспецифичных SNP / В. Н. Кипень [и др.] // Вес. Нац. акад. навук Беларусі. Сер. аграр. навук. – 2021. – Т. 59, № 4. – С. 464–476. https://doi.org/10.29235/1817-7204-2021-59-4-464-476

7. Дифференциация пород домашних свиней c использованием расширенного биоинформатического анализа SNP / В. Н. Кипень [и др.] // Докл. Нац. акад. наук Беларуси. – 2022. – Т. 66, № 3. – С. 301–309. https://doi.org/10.29235/1561-8323- 2022-66-3-301-309

8. Анализ полиморфизма гена гефестина (HEPH) на X-хромосоме для установления принадлежности биологических образцов к диким или домашним представителям вида Sus scrofa / В. Н. Кипень [и др.] // Генетика. – 2020. – Т. 56, № 9. – C. 1054–1064.

9. Okonechnikov, K. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit / K. Okonechnikov, O. Golosova, M. Fursov // Bioinformatics. – 2012. – Vol. 28, N 8. – P. 1166–1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091

10. Multifactor-dimensionality reduction reveals high-order interactions among estrogen-metabolism genes in sporadic breast cancer / M. D. Ritchie [at al.] // Am. J. Hum. Genet. – 2001. – Vol. 69, N 1. – P. 138–147. https://doi.org/10.1086/321276