ВИРТУАЛЬНЫЙ СКРИНИНГ НОВЫХ АНТИ-ВИЧ АГЕНТОВ – ПЕПТИДОМИМЕТИКОВ МОНОКЛОНАЛЬНОГО АНТИТЕЛА VRC01, ПРОЯВЛЯЮЩЕГО ШИРОКУЮ ВИРУСНУЮ НЕЙТРАЛИЗАЦИЮ
Аннотация
На основе анализа структурного комплекса нейтрализующего антитела VRC01 с белком gp120 ВИЧ-1 осуществлен виртуальный скрининг химических соединений, способных имитировать фармакофорные свойства антиген-связывающего центра иммуноглобулина. Методами молекулярного моделирования построены комплексы этих соединений с белком gp120, проведена оценка их потенциальной ингибирующей активности и рассчитаны свободные энергии образования надмолекулярных структур. В результате отобраны шесть соединений-лидеров, специфически и эффективно взаимодействующих с аминокислотными остатками белка gp120, критическими для его связывания с первичным рецептором CD4 клетки-мишени. Исходя из полученных данных, идентифицированные соединения рассматриваются как перспективные базовые структуры для создания новых лекарственных препаратов против ВИЧ с широким спектром нейтрализующего действия.
Об авторах
И. А. КАШИН
Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
Беларусь
Беларусь
А. В. ТУЗИКОВ
Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси, Минск
Беларусь
Беларусь
А. М. АНДРИАНОВ
Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
Беларусь
Беларусь
Список литературы
1. Andrianov A. M. // Expert Opin. Drug Discov. 2011. Vol. 6. P. P. 419–435.
2. Sirois S., Sing T., Chou K. C. // Cur. Prot. Pept. Sci. 2005. Vol. 6. P. P. 413–422.
3. Engelman A., Cherepanov P. // Nature Rev. 2012. Vol. 10. P. P. 279–290.
4. Walker L. M., Burton D. R. // Cur. Opin. Immunol. 2010. Vol. 22. P. P. 358–366.
5. Kwong P. D., Mascola J. R., Nabel G. J. // Cold Spring Harbor Perspect. Med. 2011. Vol. 1. a007278.
6. McCoy L. E., Weiss R. A. // J. Exp. Med. 2013. Vol. 210. P. P. 209–223.
7. Zhou T., Georgiev I., Wu X. et al. // Science. 2010. Vol. 329. P. P. 811–817.
8. Floris M., Masciocchi J., Fanton M., Moro S. // Nucl. Acids Res. 2011. Vol. 39, suppl. 2. P. P. W261–W269.
9. Kwong P. D., Wyatt R., Robinson J. et al. // Nature. 1998. Vol. 393. P. P. 648–659.
10. Masciocchi J., Frau G., Fanton M. et al. // Nucl. Acids Res. 2009. Vol. 37, Database issue. P. P. D284–D290.
11. Trott O., Olson A. J. // J. Comput. Chem. 2010. Vol. 31. P. 455–461.
12. Абламейко С. В., Абрамов С. М., Анищенко В. В. и др. Суперкомпьютерные конфигурации СКИФ. Минск, 2005. – 170 с.
13. Durrant J. D., McCammon J. A. // J. Mol. Graph. Model. 2011. Vol. 29. P. P. 888–893.
14. Myszka D. G., Sweet R. W., Hensley P. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97. P. 9026–9031.
Рецензия
Просмотров: 814
Послать статью по эл. почте 