ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСМЕМБРАННОГО БЕЛКА CD79B МЕТОДОМ МНОГОМЕРНОЙ ИМПУЛЬСНОЙ ЯМР СПЕКТРОСКОПИИ

В настоящей работе с использованием системы бесклеточной экспрессии получены меченые стабильными изотопами углерода-13 и азота-15 белки CD79A/CD79B. Установлено, что целевые белки обнаруживаются в осадке бесклеточной системы экспрессии, что согласуется с их мембранной природой и наличием трансмембранного домена в их составе. Определены физико-химические параметры образцов CD79A/CD79B с целью получения многомерных корреляционных ЯМР спектров высокого разрешения. Анализ полученных корреляционных спектров свидетельствует, что CD79B при выбранных условиях находится в неупорядоченном состоянии. Расщепление сигнала от NH- группы боковой цепи единственного остатка триптофана указывает на наличие медленных конформационных превращений в этой области полипептидной цепи. Добавление трифторуксусной кислоты к раствору CD79B в диметил- сульфоксиде приводит к разрушению межмолекулярных связей «белковой мицеллы» и образованию его мономерной формы, хорошо детектируемой ЯМР спектроскопией.

1. Amino-acid-type selective isotope labeling of proteins expressed in Baculovirus-infected insect cells useful for NMR studies / A. Strauss [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. - 2003. - Vol. 26, N 4. - P. 367-372. https://doi.org/doi.org/10.1023/a:1024013111478.

2. Uversky, V. N. Natively unfolded proteins: a point where biology waits for physics / V. N. Uversky // Protein science. - 2002. - Vol. 11, N 4. - P. 739-756. https://doi.org/doi.org/10.1110/ps.4210102.

3. Protein disorder and the evolution of molecular recognition: theory, predictions and observations / A. K. Dunker [et al.] // Pac. Symp. Biocomput. - 1998. - Vol. 3. - P. 473-484.

4. Uversky, V. N. Why are “natively unfolded” proteins unstructured under physiologic conditions? / V. N. Uversky, J. R. Gillespie, A. L. Fink // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. - 2000. - Vol. 41, N 3. - P. 415-427. doi. org/10.1002/1097-0134(20001115)41:3%3C415::aid-prot130%3E3.3.co;2-z.

5. Predicting disordered regions from amino acid sequence / E. Garner [et al.] // Genome Informatics. - 1998. - Vol. 9. - P. 201-213.

6. TOP-IDP-scale: a new amino acid scale measuring propensity for intrinsic disorder / A. Campen [et al.] // Protein and Peptide letters. - 2008. - Vol. 15, N 9. - P. 956-963. https://doi.org/doi.org/10.2174/092986608785849164.

7. Uversky, V. N. A decade and a half of protein intrinsic disorder: biology still waits for physics / V. N. Uversky // Protein Science. - 2013. - Vol. 22, N 6. - P. 693-724. https://doi.org/doi.org/10.1002/pro.2261.

8. Predicting intrinsic disorder from amino acid sequence / Z. Obradovic [et al.] // Proteins: Structure, Function, and Genetics. - 2003. - Vol. 53, N S6. - P. 566-572. https://doi.org/doi.org/10.1002/prot.10532.

9. Uversky, V. N. What does it mean to be natively unfolded? / V. N. Uversky // European Journal of Biochemistry. - 2002. - Vol. 269, N 1. - P. 2-12. https://doi.org/doi.org/10.1046/j.0014-2956.2001.02649.x.

10. Dunker, A. K. The protein trinity - linking function and disorder / A. K. Dunker, Z. Obradovic // Nature Biotechnology. - 2001. - Vol. 19, N 9. - P. 805-806. https://doi.org/doi.org/10.1038/nbt0901-805.

11. Gazumyan, A. Igβ tyrosine residues contribute to the control of B cell receptor signaling by regulating receptor internalization / A. Gazumyan, A. Reichlin, M. C. Nussenzweig // The Journal of Experimental Medicine. - 2006. - Vol. 203, N 7. - P. 1785-1794. https://doi.org/doi.org/10.1084/jem.20060221.

12. Cytoplasmic Igα Serine/Threonines Fine-Tune Igα Tyrosine Phosphorylation and Limit Bone Marrow Plasma Cell Formation / H. C. Patterson [et al.] // The Journal of Immunology. - 2011. - Vol. 187, N 6. - P. 2853-2858. https://doi.org/doi.org/10.4049/ jimmunol.1101143.

13. Immunology / R. A. Goldsby [et al.]. - New York: W. H. Freeman and Company, 2003. - 603 p.

14. Lanier, L. L. NK cell recognition / L. L. Lanier // Annu. Rev. Immunol. - 2005. - Vol. 23, N 1. - P. 225-274. doi. org/10.1146/annurev.immunol.23.021704.115526.

15. Structural and functional studies of Igαβ and its assembly with the B cell antigen receptor / S. Radaev [et al.] // Structure. - 2010. - Vol. 18, N 8. - P. 934-943. https://doi.org/doi.org/10.1016/j.str.2010.04.019.

16. Rational improvement of cell-free protein synthesis / A. Pedersen [et al.] // New biotechnology. - 2011. - Vol. 28, N 3. - P. 218-224. https://doi.org/doi.org/10.1016/j.nbt.2010.06.015.

17. NMRPipe: a multidimensional spectral processing system based on UNIX pipes / F. Delaglio [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. - 1995. - Vol. 6, N 3. - P. 277-293. https://doi.org/doi.org/10.1007/bf00197809.

18. Peri, S. GPMAW - a software tool for analyzing proteins and peptides / S. Peri, H. Steen, A. Pandey // Trends in Biochemical Sciences. - 2001. - Vol. 26, N 11. - P. 687-689. https://doi.org/doi.org/10.1016/s0968-0004(01)01954-5.

19. Thermal stability and folding kinetics analysis of disordered protein, securin / H. L. Chu [et al.] // Journal of Thermal Analysis and Calorimetry. - 2014. - Vol. 115, N 3. - P. 2171-2178. https://doi.org/doi.org/10.1007/s10973-013-3598-x.

20. Keller, R. Computer-aided resonance assignment (CARA) / R. Keller, K. Wuthrich. - Cantina, Switzerland: Verlag Goldau, 2004. - 81 p.

21. Highly efficient NMR assignment of intrinsically disordered proteins: application to B- and T-cell receptor domains / L. Isaksson [et al.] // PloS One. - 2013. - Vol. 8, N 5. - P. e62947. https://doi.org/doi.org/10.1371/journal.pone.0062947.