ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСМЕМБРАННОГО БЕЛКА CD79B МЕТОДОМ МНОГОМЕРНОЙ ИМПУЛЬСНОЙ ЯМР СПЕКТРОСКОПИИ

В настоящей работе с использованием системы бесклеточной экспрессии получены меченые стабильными изотопами углерода-13 и азота-15 белки CD79A/CD79B. Установлено, что целевые белки обнаруживаются в осадке бесклеточной системы экспрессии, что согласуется с их мембранной природой и наличием трансмембранного домена в их составе. Определены физико-химические параметры образцов CD79A/CD79B с целью получения многомерных корреляционных ЯМР спектров высокого разрешения. Анализ полученных корреляционных спектров свидетельствует, что CD79B при выбранных условиях находится в неупорядоченном состоянии. Расщепление сигнала от NH- группы боковой цепи единственного остатка триптофана указывает на наличие медленных конформационных превращений в этой области полипептидной цепи. Добавление трифторуксусной кислоты к раствору CD79B в диметил- сульфоксиде приводит к разрушению межмолекулярных связей «белковой мицеллы» и образованию его мономерной формы, хорошо детектируемой ЯМР спектроскопией.

1. Amino–acid-type selective isotope labeling of proteins expressed in Baculovirus-infected insect cells useful for NMR studies / A. Strauss [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. – 2003. – Vol. 26, N 4. – P. 367–372. doi.org/10.1023/a:1024013111478.

2. Uversky, V. N. Natively unfolded proteins: a point where biology waits for physics / V. N. Uversky // Protein science. – 2002. – Vol. 11, N 4. – P. 739–756. doi.org/10.1110/ps.4210102.

3. Protein disorder and the evolution of molecular recognition: theory, predictions and observations / A. K. Dunker [et al.] // Pac. Symp. Biocomput. – 1998. – Vol. 3. – P. 473–484.

4. Uversky, V. N. Why are “natively unfolded” proteins unstructured under physiologic conditions? / V. N. Uversky, J. R. Gillespie, A. L. Fink // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. – 2000. – Vol. 41, N 3. – P. 415–427. doi. org/10.1002/1097-0134(20001115)41:3%3C415::aid-prot130%3E3.3.co;2-z.

5. Predicting disordered regions from amino acid sequence / E. Garner [et al.] // Genome Informatics. – 1998. – Vol. 9. – P. 201–213.

6. TOP-IDP-scale: a new amino acid scale measuring propensity for intrinsic disorder / A. Campen [et al.] // Protein and Peptide letters. – 2008. – Vol. 15, N 9. – P. 956–963. doi.org/10.2174/092986608785849164.

7. Uversky, V. N. A decade and a half of protein intrinsic disorder: biology still waits for physics / V. N. Uversky // Protein Science. – 2013. – Vol. 22, N 6. – P. 693–724. doi.org/10.1002/pro.2261.

8. Predicting intrinsic disorder from amino acid sequence / Z. Obradovic [et al.] // Proteins: Structure, Function, and Genetics. – 2003. – Vol. 53, N S6. – P. 566–572. doi.org/10.1002/prot.10532.

9. Uversky, V. N. What does it mean to be natively unfolded? / V. N. Uversky // European Journal of Biochemistry. – 2002. – Vol. 269, N 1. – P. 2–12. doi.org/10.1046/j.0014-2956.2001.02649.x.

10. Dunker, A. K. The protein trinity – linking function and disorder / A. K. Dunker, Z. Obradovic // Nature Biotechnology. – 2001. – Vol. 19, N 9. – P. 805–806. doi.org/10.1038/nbt0901-805.

11. Gazumyan, A. Igβ tyrosine residues contribute to the control of B cell receptor signaling by regulating receptor internalization / A. Gazumyan, A. Reichlin, M. C. Nussenzweig // The Journal of Experimental Medicine. – 2006. – Vol. 203, N 7. – P. 1785–1794. doi.org/10.1084/jem.20060221.

12. Cytoplasmic Igα Serine/Threonines Fine-Tune Igα Tyrosine Phosphorylation and Limit Bone Marrow Plasma Cell Formation / H. C. Patterson [et al.] // The Journal of Immunology. – 2011. – Vol. 187, N 6. – P. 2853–2858. doi.org/10.4049/ jimmunol.1101143.

13. Immunology / R. A. Goldsby [et al.]. – New York: W. H. Freeman and Company, 2003. – 603 p.

14. Lanier, L. L. NK cell recognition / L. L. Lanier // Annu. Rev. Immunol. – 2005. – Vol. 23, N 1. – P. 225–274. doi. org/10.1146/annurev.immunol.23.021704.115526.

15. Structural and functional studies of Igαβ and its assembly with the B cell antigen receptor / S. Radaev [et al.] // Structure. – 2010. – Vol. 18, N 8. – P. 934–943. doi.org/10.1016/j.str.2010.04.019.

16. Rational improvement of cell-free protein synthesis / A. Pedersen [et al.] // New biotechnology. – 2011. – Vol. 28, N 3. – P. 218–224. doi.org/10.1016/j.nbt.2010.06.015.

17. NMRPipe: a multidimensional spectral processing system based on UNIX pipes / F. Delaglio [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. – 1995. – Vol. 6, N 3. – P. 277–293. doi.org/10.1007/bf00197809.

18. Peri, S. GPMAW – a software tool for analyzing proteins and peptides / S. Peri, H. Steen, A. Pandey // Trends in Biochemical Sciences. – 2001. – Vol. 26, N 11. – P. 687–689. doi.org/10.1016/s0968-0004(01)01954-5.

19. Thermal stability and folding kinetics analysis of disordered protein, securin / H. L. Chu [et al.] // Journal of Thermal Analysis and Calorimetry. – 2014. – Vol. 115, N 3. – P. 2171–2178. doi.org/10.1007/s10973-013-3598-x.

20. Keller, R. Computer-aided resonance assignment (CARA) / R. Keller, K. Wuthrich. – Cantina, Switzerland: Verlag Goldau, 2004. – 81 p.

21. Highly efficient NMR assignment of intrinsically disordered proteins: application to B- and T-cell receptor domains / L. Isaksson [et al.] // PloS One. – 2013. – Vol. 8, N 5. – P. e62947. doi.org/10.1371/journal.pone.0062947.