ТРАНСКРИПТОМНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНОВ ЦЕЛЛЮЛОЗОСИНТАЗ ВЫСШИХ РАСТЕНИЙ ПО ДАННЫМ РНК-СЕКВЕНИРОВАНИЯ
Аннотация
В работе проанализированы транскриптомы различных органов и тканей четырех видов растений – тополя, эвкалипта, сои и фасоли. Установлены существенные различия в уровне экспрессии генов целлюлозосинтаз между растениями исследуемых видов, а также различия в экспрессии данных генов в органах и тканях одного растения. Для транскриптомов фасоли и эвкалипта характерно наличие «доминирующих» генов, которые дают более 50 % пула экспрессии генов целлюлозосинтаз. В случае тополя и сои экспрессионный пул распределен между большим числом генов. Возможно, стратегия экспрессии CesA-генов отражает процесс филогенеза исследуемых геномов.
Об авторах
Т. А. Подвицкий
Институт генетики и цитологии НАН Беларуси
Беларусь
магистр биоинформатики, магистр биологических наук, мл. науч. сотрудник
Беларусь
магистр биоинформатики, магистр биологических наук, мл. науч. сотрудник
Д. В. Галиновский
Институт генетики и цитологии НАН Беларуси
Беларусь
канд. биол. наук, науч. сотрудник
Беларусь
канд. биол. наук, науч. сотрудник
Н. В. Анисимова
Институт генетики и цитологии НАН Беларуси
Беларусь
канд. биол. наук, ст. науч. сотрудник
Беларусь
канд. биол. наук, ст. науч. сотрудник
Л. В. Хотылева
Институт генетики и цитологии НАН Беларуси
Беларусь
академик, д-р биол. наук, профессор, гл. науч. сотрудник
Беларусь
академик, д-р биол. наук, профессор, гл. науч. сотрудник
А. В. Кильчевский
Институт генетики и цитологии НАН Беларуси
Беларусь
член-корреспондент, д-р биол. наук, профессор, заведующий лабораторией
Беларусь
член-корреспондент, д-р биол. наук, профессор, заведующий лабораторией
Список литературы
1. JGI Phytozome 10.3 [Electronic resource]. – Mode of access: http://phytozome.jgi.doe.gov. – Date of access: 12.10.2015.
2. Wang, Z. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics / Z. Wang, M. Gerstein, M. Snyder // Nature reviews genetics. – 2009. – Vol. 10, N 1. – P. 57–63.
3. Giorgi, F. M. Comparative study of RNA-seq- and microarray-derived coexpression networks in Arabidopsis thaliana /
4. F. M. Giorgi, C. Del Fabbro, F. Licausi // Bioinformatics. – 2013. – Vol. 29, N 6. – P. 717–724.
5. Chu, Y. RNA Sequencing: Platform Selection, Experimental Design, and Data Interpretation / Y. Chu, D. R. Corey // Nucleic Acid Therapeutics. – 2012. – Vol. 22, N 4. – P. 271–274.
6. Wakasa, Y. RNA sequencing-mediated transcriptome analysis of rice plants in endoplasmic reticulum stress conditions / Y. Wakasa, Y. Oono, Sh. Yazawa // BMC Plant Biology. – 2014. – Vol. 14. – P. 101.
7. RNA-Seq Analysis of the Response of the Halophyte, Mesembryanthemum crystallinum (Ice Plant) to High Salinity /
8. H. Tsukagoshi [et al.] // PLoS ONE. – 2015. – Vol. 10, N 2. – e0118339. doi.org/10.1371/journal.pone.0118339.
9. Горшкова, Т. А. Растительная клеточная стенка как динамическая система / Т. А. Горшкова. – Москва, 2007. – 429 с.
10. RNA-Seq data from Phytozome [Electronic resource]. – Mode of access: http://phytozome.jgi.doe.gov/phytomine/aspect.do?name=Expression. – Date of access: 12.10.2015.
11. Biomart [Electronic resource]. – Mode of access: http://www.biomart.org/. – Date of access: 12.10.2015.
12. EMBL-EBL: Family: Cellulose_synt (PF03552) [Electronic resource]. – Mode of access: http://pfam.xfam.org/family/Cellulose_synt#tabview=tab0. – Date of access: 12.10.2015.
13. EMBL-EBL: MUSCLE. Multiple Sequence Alignment [Electronic resource]. – Mode of access: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/. – Date of access: 12.10.2015.
14. EMBL-EBL: ClustalW2 – Phylogeny [Electronic resource]. – Mode of access: http://www.ebi.ac.uk/Tools/phylogeny/clustalw2_phylogeny/. – Date of access: 12.10.2015.
15. ATGC: South of France bioinformatics platform [Electronic resource]. – Mode of access: http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/. – Date of access: 12.10.2015.
16. Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation / C. Trapnell [et al.] // Nat. Biotechnol. – 2010. – Vol. 28, N 5. – P. 511–515. doi.org/10.1038/nbt.1621.
17. Genome sequence of the palaeopolyploid soybean / J. Schmutz [et al.] // Nature. – 2010. – Vol. 463. – P. 178–183. doi.org/10.1038/nature08670.
Рецензия
Просмотров: 1055
Послать статью по эл. почте 