ОСОБЕННОСТИ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ФАГА РF-10
Аннотация
В результате анализа полной нуклеотидной последовательности бактериофага Pf-10, входящего в состав биопестицида «Мультифаг», установлено, что его геном является уникальным и состоит из фрагмента ДНК фага широкого круга хозяев Phi-S1, в пределах которого локализованы детерминанты, определяющие синтез ранних белков,
и фрагмента ДНК фага узкого круга хозяев phiIBB-PF7A, содержащего гены, детерминирующие синтез поздних белков.
Низкая гомология отдельных генетических детерминант и кодируемых ими аминокислотных последовательностей (в частности, генов, определяющих синтез белков отростка) с таковыми фагов � Phi-S1 или phiIBB-PF7A свиде-Phi-свиде--S1 свидетельствует о мутационных изменениях, возникших в процессе становления фагового генома Pf-10 и способных повлиять на его жизненно важные функции.
и фрагмента ДНК фага узкого круга хозяев phiIBB-PF7A, содержащего гены, детерминирующие синтез поздних белков.
Низкая гомология отдельных генетических детерминант и кодируемых ими аминокислотных последовательностей (в частности, генов, определяющих синтез белков отростка) с таковыми фагов � Phi-S1 или phiIBB-PF7A свиде-Phi-свиде--S1 свидетельствует о мутационных изменениях, возникших в процессе становления фагового генома Pf-10 и способных повлиять на его жизненно важные функции.
Об авторах
Т. А. Пилипчук
Институт микробиологии НАН Беларуси
Беларусь
научный сотрудник
Беларусь
научный сотрудник
Л. Н. Валентович
Институт микробиологии НАН Беларуси
Беларусь
канд. биол. наук, ст. науч. сотрудник
Беларусь
канд. биол. наук, ст. науч. сотрудник
М. А. Титок
Институт микробиологии НАН Беларуси
Беларусь
д-р биол. наук, гл. науч. сотрудник
Беларусь
д-р биол. наук, гл. науч. сотрудник
Э. И. Коломиец
Институт микробиологии НАН Беларуси
Беларусь
член-корреспондент, д-р биол. наук, директор
Беларусь
член-корреспондент, д-р биол. наук, директор
Список литературы
1. Labrie, S. J. Bacteriophage resistance mechanisms / S. J. Labrie, J. E. Samson, S. Moineau // Nat. Rev. Microbiol. – 2010. – Vol. 8, N 5. – P. 317–327. doi.org/10.1038/nrmicro2315.
2. Bolger, A. M. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data / A. M. Bolger, M. Lohse, B. Usadel // Bioinformatics. – 2014. – Vol. 30, N 15 – P. 2114–2120. doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170.
3. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing / A. Bankevich [et al.] // J. Comput. Biol. – 2012. – Vol. 19, N 5. – P. 455–477. doi.org/10.1089/cmb.2012.0021.
4. Lavigne, R. PHIRE, a deterministic approach to reveal regulatory elements in bacteriophage genomes / R. Lavigne, W. D. Sun, G. Volckaert // Bioinformatics. – 2004. – Vol. 20, N 5. – P. 629–635. doi.org/10.1093/bioinformatics/btg456.
5. Solovyev, V. Automatic Annotation of Microbial Genomes and Metagenomic Sequences / V. Solovyev, A. Salamov // Metagenomics and its Applications in Agriculture, Biomedicine and Environmental Studies / ed. R. W. Li. – NY: Nova Science Publishers, 2011. – P. 61–78.
6. ARNold, finding terminators at IGM – Web Server [Electronic resource]. – Mode of access: http://rna.igmors.u-psud.fr/toolbox/arnold/. – Date of access: 09.11.2016.
7. Николайчик, Е. А. SQ-компьютерная программа для редактирования и анализа биологических последовательностей / Е. А. Николайчик, Л. Н. Валентович // Тр. Белорус. гос. ун-та. Физиол., биохим. и молекулярные основы функционирования биосистем. – 2010. – Т. 5, № 1. – С. 154–162.
8. WebLogo: a sequence logo generator / G. E. Crooks [et al.] // Genome Res. – 2004. – Vol. 14, N 6. – P. 1188–1190. doi.org/10.1101/gr.849004.
9. Биопестицид «Мультифаг» на основе фагов фитопатогенных бактерий Pseudomonas syringae и Pseudomonas fluorescens для использования в сельском хозяйстве в качестве средства борьбы с болезнями растений / Т. А. Пилипчук [и др.] // Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты. – 2015. – Т. 7. – С. 197–219.
10. Bacteriophages and their implications on future biotechnology: a review / I. U. Haq [et al.] // Virol. J. – 2012. – Vol. 9, iss. 1. – P. 9. doi.org/10.1186/1743-422x-9-9.
11. Complete genome sequence analysis of two Pseudomonas plecoglossicida phages, potential therapeutic agents /Y. Kawato [et al.] // Appl. Environ. Microbiol. – 2015. – Vol. 81, N 3. – P. 874–881. doi.org/10.1128/aem.03038-14.
12. Kelln, R. A. Isolation and properties of a bacteriophage lytic for a wide range of pseudomonads / R. A. Kelln, R. A. J. Warren // Can. J. Microbiol. – 1971. – Vol. 17, N 5 – P. 677–682. doi.org/10.1139/m71-109.
13. Complete genome sequence of the lytic Pseudomonas fluorescens phage fIBB-PF7A / S. Sillankorva [et al.] // Virol. J. – 2011. – Vol. 8, iss. 1. – P. 142. doi.org/10.1186/1743-422x-8-142.
14. Sillankorva, S. Genome Sequence of the Broad-Host-Range Pseudomonas Phage Φ-S1 / S. Sillankorva, A. M. Kropinski, J. Azeredo // J. Virol. – 2012. – Vol. 86, N 18. – P. 10239. doi.org/10.1128/jvi.01605-12.
15. Casjens, S. R. Short Noncontractile Tail Machines: Adsorption and DNA Delivery by Podoviruses / S. R. Casjens, I. J. Molineux // Advances in Experimental Medicine and Biology. – 2011. – Vol. 726. – P. 143–179. doi.org/10.1007/978-1-4614-0980-9_�7.
Рецензия
Просмотров: 907
Послать статью по эл. почте 