IN SILICO ДИЗАЙН И ОЦЕНКА ПОТЕНЦИАЛЬНОЙ АКТИВНОСТИ НОВЫХ ИНГИБИТОРОВ ВИЧ-1 − МИМЕТИКОВ ПЕРВИЧНОГО РЕЦЕПТОРА CD4 БЕЛКА GP120 ОБОЛОЧКИ ВИРУСА

Полный текст:


Аннотация

На основе методологии клик-химии осуществлен in silico дизайн новых ингибиторов проникновения ВИЧ-1, способных имитировать первичный рецептор CD4 белка gp120 оболочки вируса. С помощью методов молекулярного докинга проведена оценка нейтрализующей активности сконструированных молекул, в результате которой идентифицированы 6 соединений-лидеров, перспективных для синтеза и биологических испытаний. Показано, что обнаруженные соединения формируют базовые структуры для разработки новых эффективных анти-ВИЧ препаратов с широкой вирусной нейтрализацией. 


Об авторах

А. М. Андрианов
Институт биоорганической химии Национальной академии наук Беларуси
Беларусь
д-р хим. наук, гл. науч. сотрудник


И. А. Кашин
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь
науч. сотрудник


Г. И. Николаев
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь
аспирант


А. В. Тузиков
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь
член-корреспондент, д-р физ.-мат. наук, профессор, директор


Список литературы

1. Андрианов, А. М. Конформационный анализ белков. Теория и приложения / А. М. Андрианов. – Минск: Белорусская наука, 2013. – 518 с.

2. Kolb, H. C. Click chemistry: Diverse chemical function from a few good reactions / H. C. Kolb, M. G. Finn, K. B. Sharpless // Angew. Chem. Int. Ed. – 2001. – Vol. 40, N 11. – P. 2004–2021. doi.org/10.1002/1521-3773(20010601)40:11%3C2004::aid-anie2004%3E3.3.co;2-x

3. Arts, E. J. HIV-1 antiretroviral drug therapy / E. J. Arts, D. J. Hazuda // Cold Spring Harb. Perspect. Med. – 2012. – Vol. 2, N 4. – a007161. doi: 10.1101/cshperspect.a007161

4. Tilton, J. C. Entry inhibitors in the treatment of HIV-1 infection / J. C. Tilton, R. W. Doms // Antiviral Res. – 2010. – Vol. 85, N 1. – P. 91–100. doi.org/10.1016/j.antiviral.2009.07.022

5. Andrianov, A. M. HIV-1 gp120 V3 loop for anti-AIDS drug discovery: computer-aided approaches to the problem solving / A. M. Andrianov // Expert Opin. Drug Discov. – 2011. – Vol. 6, N 4. – P. 419–435. doi: 10.1517/17460441.2011.560603

6. Structure of an HIV gp120 envelope glycoprotein in complex with the CD4 receptor and a neutralizing human antibody / P. D. Kwong [et al.] // Nature. – 1998. – Vol. 393. – P. 648–659. doi:10.1038/31405

7. Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings / C. A. Lipinski [et al.] // Adv. Drug Deliv. Rev. – 2001. – Vol. 46, N 1–3. – P. 3–26. dx.doi.org/10.1016/S0169-409X(00)00129-0

8. Structure-based design, synthesis and validation of CD4-mimetic small molecule inhibitors of HIV-1 entry: Conversion of a viral entry agonist to an antagonist / J. R. Courter [et al.] // Acc. Chem. Res. – 2014. – Vol. 47, N 4. – P. 1228–1237. doi. org/10.1021/ar4002735

9. Structure-based design of a small molecule CD4-antagonist with broad spectrum anti-HIV-1 activity / F. Curreli [et al.] // J. Med. Chem. – 2015. – Vol. 58, N 17. – P. 6909–6927. doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b00709

10. Liu, Y. Optimization of CD4/gp120 inhibitors by thermodynamic-guided alanine-scanning mutagenesis / Y. Liu, A. Schön, E. Freire // Chem. Biol. Drug Des. – 2013. – Vol. 81, N 1. – P. 72–78. doi.org/10.1111/cbdd.12075

11. The human immunodeficiency virus-gp120 binding-site on CD4 − Delineation by quantitative equilibrium and kinetic binding studies of mutants in conjunction with a high-resolution CD4 atomic-structure / U. Moebius [et al.] // J. Exp. Med. – 1992. – Vol. 176, N 2. – P. 507–517. doi.org/10.1084/jem.176.2.507

12. Identification of individual human-immunodeficiency-virus type-1 gp120 amino-acids important for CD4 receptor-binding / U. Olshevsky [et al.] // J. Virol. – 1990. – Vol. 64, N 12. – P. 5701–5707.

13. Identification of N-phenyl-N′-(2,2,6,6-tetramethyl-piperidin-4-yl)-oxalamides as a new class of HIV-1 entry inhibitors that prevent gp120 binding to CD4 / Q. Zhao [et al.] // Virology. – 2005. – Vol. 339, N 2. – P. 213–225. doi.org/10.1016/j. virol.2005.06.008

14. Unliganded HIV-1 gp120 core structures assume the CD4-bound conformation with regulation by quaternary interactions and variable loops / Y. D. Kwon [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2012. – Vol. 109, N 15. – P. 5663–5668. doi.org/10.1073/pnas.1112391109

15. Durrant, J. D. AutoGrow: a novel algorithm for protein inhibitor design / J. D. Durrant, R. E. Amaro, J. A. McCammon // Chem. Biol. Drug Des. – 2009. – Vol. 73, N 2. – P. 168–178. doi.org/10.1111/j.1747-0285.2008.00761.x


Дополнительные файлы

Просмотров: 217

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 1561-8323 (Print)
ISSN 2524-2431 (Online)