Алгоритм предсказания структур белковых комплексов на основе генной онтологии
https://doi.org/10.29235/1561-8323-2020-64-2-150-158
Аннотация
Предлагается алгоритм сравнения белок-белковых комплексов на основе их функциональных свойств в терминах генной онтологии. Мера функциональной схожести комплексов интегрируется со структурной мерой для нахождения шаблона для моделирования белковых комплексов. Приводятся результаты моделирования белковых комплексов с помощью предложенного алгоритма.
Об авторах
А. Ю. Хадарович
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь
Беларусь
Хадарович Анна Юрьевна – науч. сотрудник.
ул. Сурганова, 6, 220012, Минск
И. В. Анищенко
Университет Вашингтона
Соединённые Штаты Америки
Соединённые Штаты Америки
Анищенко Иван Владимирович – канд. техн. наук, науч. сотрудник.
СиэтлП. Кундротас
Университет Канзаса
Соединённые Штаты Америки
Соединённые Штаты Америки
Кундротас Петрас – профессор.
66045, 2030 Бекер Драйв, Канзас
И. Ваксер
Университет Канзаса
Соединённые Штаты Америки
Соединённые Штаты Америки
Ваксер Илья – профессор, директор. Центр вычислительной биологии.
66045, 2030 Бекер Драйв, Канзас
А. В. Тузиков
Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беларусь
Беларусь
Тузиков Александр Васильевич – член-корреспондент, д-р физ.-мат. наук, профессор, генеральный директор.
ул. Сурганова, 6, 220012, Минск
Список литературы
1. Gene Ontology Consortium: going forward / The Gene Ontology Consortium // Nucleic Acids Research. – 2015. – Vol. 43. – P. D1049–D1056. https://doi.org/10.1093/nar/gku1179
2. Metrics for GO based protein semantic similarity: a systematic evaluation / C. Pesquita [et al.] // BMC Bioinformatics. – 2008. – Vol. 9. – P. S4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-s5-s4
3. Resnik, P. Using Information Content to Evaluate Semantic Similarity in a Taxonomy / P. Resnik // Proceedings of the 14th International Joint Conference on Artificial Intelligence. – 1995. – Vol. 1. – P. 448–453.
4. A new measure for functional similarity of gene products based on Gene Ontology / A. Schlicker [et al.] // BMC Bioinformatics. – 2006. – Vol. 7, N 1. – Art. 302. https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-302
5. Couto, F. M. Measuring semantic similarity between Gene Ontology terms / F. M. Couto, M. J. Silva, P. M. Coutinho // Data & Knowledge Engineering. – 2007. – Vol. 61, N 1. – P. 137–152. https://doi.org/10.1016/j.datak.2006.05.003
6. Zhang, Y. Scoring Function for Automated Assessment of Protein Structure Template Quality / Y. Zhang, J. Skolnick // PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. – 2004. – Vol. 57, N 4. – P. 702–710. https://doi.org/10.1002/prot.20264
7. Zhang, Y. TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score / Y. Zhang, J. Skolnick // Nucleic Acids Research. – 2005. – Vol. 33, N 7. – P. 2302–2309.
8. Negroni, J. Assessing the Applicability of Template-Based Protein Docking in the Twilight Zone / J. Negroni, R. Mosca, P. Aloy // Structure. – 2014. – Vol. 22, N 9. – P. 1356–1362. https://doi.org/10.1016/j.str.2014.07.009
9. DOCKGROUND resource for studying protein-protein interfaces / D. Douguet [et al.] // Bioinformatics. – 2006. – Vol. 22, N 21. – P. 2612–2618. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl447
10. DOCKGROUND: A comprehensive data resource for modeling of protein complexes / P. J. Kundrotas [et al.] // Protein Sci. – 2018. – Vol. 27, N 1. – P. 172–181. https://doi.org/10.1002/pro.3295
11. The Protein Data Bank / H. M. Berman [et al.] // Nucleic Acids Research. – 2000. – Vol. 28, N 1. – P. 235–242. https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235
12. Structural templates for comparative protein docking / I. Anishchenko [et al.] // Proteins. – 2014. – Vol. 83, N 9. – P. 1563–1570. https://doi.org/10.1002/prot.24736
13. Das, S. Particle Swarm Optimization and Differential Evolution Algorithms: Technical Analysis, Applications and Hybridization Perspectives / S. Das, A. Abraham, A. Konar // Advances of Computational Intelligence in Industrial Systems. – 2008. – Vol. 116. – P. 1–38. https://doi.org/10.1007/978-3-540-78297-1_1
14. Sinha, R. Docking by structural similarity at protein-protein interfaces / R. Sinha, P. J. Kundrotas, I. A. Vakser // Proteins. – 2010. – Vol. 78, N 15. – P. 3235–3241. https://doi.org/10.1002/prot.22812
15. Gene ontology improves template selection in comparative protein docking / A. Hadarovich [et al.] // Proteins. – 2019. – Vol. 87, N 3. – P. 245–253. https://doi.org/10.1002/prot.25645
Рецензия
Просмотров: 747
Послать статью по эл. почте 